AVALIAÇÃO DE PADRÕES ALÉLICOS PARA FINGERPRINTING DNA DE SERINGUEIRA COM MARCADOR MICROSSATÉLITES

Autores

DOI:

https://doi.org/10.14393/BJ-v38n0a2022-54400

Palavras-chave:

Genetic Certification, SSR, Variety Identification.

Resumo

Resumo – A seringueira (Hevea brasiliensis) é nativa da região amazônica e é amplamente explorada devido à borracha natural produzida a partir do látex. Existem muitas variedades clonais, sem testes de certificação. Para desenvolver uma impressão digital molecular, 15 clones comerciais foram usados ​​para identificar um padrão genético padrão. Foram utilizados dez microssatélites. As estimativas genéticas obtidas foram: número de alelos por locus (N), esperada (HE) e heterozigosidade observada (HO), conteúdo polimórfico da informação (PIC) e poder discriminatório (DP). O número de alelos (N) variou de cinco a 14, com média de 9,3. As médias de HE (0,80) foram maiores HO (0,60) indicando uma seleção para homozigotos, A informatividade dos locus foram verificadas com médias de PIC (0,77) e DP (0,90) demonstrando alto polimorfismo dos microssatélites. O dendrograma representou a formação de três grupos relacionando a origem dos clones. Para desenvolver uma impressão digital molecular, 15 clones comerciais foram usados ​​para identificar um padrão genético padrão. Com base em perfis alélicos, um conjunto de dois microssatélites (A2365 e A2368) foi capaz de distinguir todos os clones examinados. O histograma revelou dois agrupamentos responsáveis ​​pela composição genética dos clones; a cultivar MDF 180 do Peru apresentou uma composição diferente dos clones brasileiros. Concluiu-se que a análise das impressões digitais era robusta com microssatélites, possibilitando a certificação clonal.

Downloads

Não há dados estatísticos.

Referências

BESSE, P., et al. DNA fingerprints in Hevea brasiliensis (rubber tree) using human minisatellite probes. Heredity. 1993, 70, 237-244. https://doi.org/10.1038/hdy.1993.35

BOTSTEIN, D., et al. Construction of a genetic map in man using restriction fragment length polymorphism. American Journal Human Genetics. 1980, 32(3), 314-331.

CRESTE, S., TUMANN, A. and FIGUEIRA, A. Detection of single sequence repeat polymorphism in denaturating polyacrylamide sequencing gels by silver staining. Plant Molecular Biology. 2001, 19(4), 299-306. https://doi.org/10.1007/BF02772828

DOYLE, J.J. and DOYLE, J.L. Isolation of plant DNA fresh tissue. Focus. 1990, 12(1), 13-15.

EARL, D.A. and VONHOLDT, B.M. STRUCTURE HARVESTER: a website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method. Conservation Genetics Resources. 2012, 4(2), 359-361. https://doi.org/10.1007/s12686-011-9548-7

EUJAYL, I., et al. Assessment of genotypic variation among cultivated durum wheat based on EST-SSRs and genomic SSRs. Euphytica. 2001, 119, 39-43. https://doi.org/10.1023/A:1017537720475

EVANNO, G., REGNAUT, S. and GOUDET, J. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Molecular Ecology. 2005, 14(8), 2611-2620. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2005.02553.x

FORTES, A.C.R., et al. Transferibilidade de locos microssatélites desenvolvidos em outras espécies de palmeiras para Astrocaryum vulgare Mart. Revista Brasileira de Ciências Agrárias. 2016, 59(1), 80-86. http://dx.doi.org/10.4322/rca.1844

GASPAROTTO, L. and PEREIRA, J.C.R. Doenças da seringueira no Brasil. 1st ed. Brasília: Embrapa, 1997.

GIMENES, M.A., et al. Genetic variation and phylogenetic relationships based on RAPD analysis in section Caulorrhizae, genus Arachis (Leguminosae). Euphytica. 2000, 116(1), 187–195. https://doi.org/10.1023/A:1004025619704

GONÇALVES, P.S., et al. Biologia, citogenética e ploidia de espécies do gênero Hevea. O Agronômico. 1989, 41(1), 40-64.

GONÇALVES, P.S., et al. Desempenho de novos clones de seringueira. III. Seleção promissora para a região de Votuporanga, Estado de São Paulo. Pesquisa Agropecuária Brasileira. 1999, 34(6), 971-980. https://doi.org/10.1590/S0100-204X1999000600007

GONÇALVES, P.S. and FONTES, J.R.A., 2009. Domesticação e melhoramento da seringueira. In: BORÉM, A., LOPES, M.T.G. and CLEMENT, C.R. (Eds.). Domesticação e Melhoramento: Espécies Amazônicas. Viçosa: Editora UFV, pp. 395-423.

GOUVÊA, L.R.L., et al. Genetic divergence of rubber tree estimated by multivariate techniques and microsatellite markers. Genetics and Molecular Biology. 2010, 33(2), 308-318. https://doi.org/10.1590/S1415-47572010005000039

JAIN, S.M. and PRIYADARSHAN, P.M. Breeding plantation tree crops: tropical species. 1st ed. New York: Springer, 2009.

KALIA, R.K., et al. Microsatellite markers: an overview of the recent progress in plants. Euphytica. 2011, 177(3), 309-334. https://doi.org/10.1007/s10681-010-0286-9

KUMAR, S., et al. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution. 2018, 35(6), 1547-1549. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096

LAURANCE, W.F., et al. Inferred longevity of Amazonian rainforest trees based on a long-term demographic study. Forest Ecology and Management. 2004, 190(2-3), 131-143. https://doi.org/10.1016/j.foreco.2003.09.011

LE GUEN, V., et al. Genetic structure of Amazonian populations of Hevea brasiliensis is shaped by hydrographical network and isolation by distance. Tree Genetics Genomes. 2009, 5(4), 673-683. https://doi.org/10.1007/s11295-009-0218-9

MILLER, M.P. Tools for population genetic analyses (TFPGA): A Windows program for the analysis of allozyme and molecular population genetic data, version 1.3. Arizona: Northern Arizona University, 1997.

PAIVA, J.R. Variabilidade enzimática em populações naturais de seringueira. Piracicaba: ESALQ-USP, 1992. Doctoral thesis.

PERSEGUINI, J.M.K.C., et al. Genetic diversity of cultivated accessions and wild species of rubber tree using EST-SSR markers. Pesquisa Agropecuária Brasileira. 2012, 47(8), 1087-1094. https://doi.org/10.1590/S0100-204X2012000800008

PRITCHARD, J.K., STEPHENS, M. and DONNELLY, P. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics. 2000, 155(2), 945-959. https://doi.org/10.1093/genetics/155.2.945

RIPPEL, M.M. and BRAGANÇA, F.C. Borracha natural e nanocompósitos com argila. Química nova. 2009, 32(3), 818-826. https://doi.org/10.1590/S0100-40422009000300024

SAHA, T., BINDU R.C. and NACER, M.A. Microsatellite variability and its use in the characterization of cultivated clones of Hevea brasiliensis. Plant Breeding. 2005, 124(1), 86-92. https://doi.org/10.1111/j.1439-0523.2004.01053.x

SCOTT, K.D., et al. Analysis of SSRs derived from grape ESTs. Theoretical Applied Genetics. 2000, 100(5), 723-726. https://doi.org/10.1007/s001220051344

SECCO, R.S., 2008. A botânica da seringueira [Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr. de Juss.) Muell-Arg.] In: ALVARENGA, A.P. and CARMO, C.A.F.S. (Eds.). Seringueira. Viçosa: Epamig, pp. 01-24.

SHAN, F., et al. Identification of duplicates and fingerprinting of primary and secondary wild annual Cicer gene pools using AFLP markers. Genetic Resources and Crop Evolution. 2007, 54(3), 519-527. https://doi.org/10.1007/s10722-006-0008-2

SILVA, M.S. Diversidade, estrutura genética e parentesco em populações de [Hevea brasiliensis (Willd. Ex Adr. de Juss.) Muell.-Arg.] conservadas ex situ. São Paulo: Universidade Estadual Paulista, 2019. Doctoral thesis.

SOUZA, C.S. Caracterização da diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de seringueira. Rio Branco: Universidade Federal do Acre, 2018. Master Science Thesis.

SOUZA, L.M., et al. Genetic Diversity Strategy for the Management and Use of Rubber Genetic Resources: More than 1,000 Wild and Cultivated Accessions in a 100-Genotype Core Collection. PLOS ONE. 2015, 10(7), 1-20. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0134607

TESSIER, C., et al. Optimization of the choice of molecular markers for varietal identification in Vitis vinifera L. Theoretical and Applied Genetics. 1999, 98(1), 171-177. https://doi.org/10.1007/s001220051054

WEBSTER, C.C. and BAULKWILL, W.E.J. Rubber Tropical Agricultural Series. Singapura: Longman Scientific and Technical. 1989, 12(1), 614.

WRIGHT, S. Evolution and the genetics of populations, vol 4: variability within and among natural populations. 1st ed. Chicago: University of Chicago Press, 1978.

Downloads

Publicado

2022-02-16

Como Citar

DOMINGOS DA SILVA, A.L., JÔNATAS CHAGAS DE OLIVEIRA2 e TATIANA DE CAMPOS, 2022. AVALIAÇÃO DE PADRÕES ALÉLICOS PARA FINGERPRINTING DNA DE SERINGUEIRA COM MARCADOR MICROSSATÉLITES. Bioscience Journal [online], vol. 38, pp. e38006. [Accessed22 julho 2024]. DOI 10.14393/BJ-v38n0a2022-54400. Available from: https://seer.ufu.br/index.php/biosciencejournal/article/view/54400.

Edição

Seção

Ciências Biológicas